[STAGE RP] développeur informatique scientifique bioinformatique
Gabriel Chandesris
gabriel.chandesris[atat]laposte.net
06 56 41 97 37
Ingénieur développement bio-informatique
JAVA, C, Perl, Python, PHP, MySQL, PostegreSQL
DIPLÔMES OBTENUS et FORMATIONS COMPLÉMENTAIRES
Master Biologie et Génome – Université Evry Val d'Essonne – Depuis 2007
Licence professionnelle biotechnologie option bio-informatique - Conservatoire National des Arts et Métiers (Paris) - 2007
Certificat de compétences en bio-informatique- Conservatoire National des Arts et Métiers (Paris) - 2005
Brevet de Technicien Supérieur Biochimiste – Lycée Gregor Mendel (Vincennes, 94) - 2003
Langues étrangères
Anglais – courant – TOEFL 560 et BULAT niveau 2
Allemand - courant
PRINCIPAUX DOMAINES DE COMPÉTENCE
Matériels et Systèmes
Ordinateurs Apple, Mac OS classic et Mac OS X
Windows 9x/XP
Unix / Linux Ubuntu, Mandriva, Red Hat, Suse, Knoppix…
Langages
C / C++
Java et JavaScript
Perl, Python, PHP
Scheme (dérivé de LISP)
SGBDR
PostGreSQL
MySQL
Applications web (interfaces technologies CGI et Tomcat)
Méthodes
UML
MERISE
XML
Algorithmique d'analyse et de fouille de données
EXPÉRIENCE PROFESSIONNELLE
Laboratoire IBISC - CNRS 3190 Evry Génopole / avril à juin 2008
Développeur informatique scientifique en biologie intégrative
Au sein du laboratoire Informatique, Biologie Intégrative et Systèmes Complexes, dans un contexte de recherche appliquée en biologie structurelle sur la prédiction de la structure secondaire des Acides RiboNucléiques.
Reprise du travail de développement d'un doctorant en informatique,
Optimation du modèle et nouvelle implémentation de l'algorithme de prédiction,
Tests, déploiement et documentation de l'applicatif sous forme de servlet (application web Tomcat) et remise en place de l'application isolée,
Intégration aux systèmes scientifiques du laboratoire.
Environnement technique : Linux Ubuntu, développement JAVA sous Eclipse pour serveur Tomcat (servlet dédiée), tests unitaires Junit, documentation javadoc, diagrammes UML (classe, état, séquence), HTML / CSS
Bibliothèque Universitaire Evry - Val D'Essonne / mai à juillet 2007
Webmaster / développeur intégrateur de données
Au sein de la bibliothèque de l'université Evry – Val D'Essonne, dans un contexte d'utilisation des Nouvelles Technologies de l'Information et de la Communication (NTIC), mise en place de ressources en ligne en plusieurs étapes
Refonte du cahier des charges et de la conception du système d'information dédiée au stockage des données (objectif : sujets d'examens, mémoires de masters, thèses),
Conception de l'interface intranet du système d'information,
Développement de l'interface et de la gestion des données (enregistrement, consultation, recherche),
Tests et déploiement / mise en production du système d'information,
Rédaction d'un guide d'utilisation et d'un guide technique ; communication et formation sur le système.
Environnement technique : Mac OS X, Linux Red Hat, Windows XP, PHP, JavaScript, MySQL, HTML et CSS
Sanofi-Aventis / septembre 2006 à décembre 2006
Développeur informatique scientifique (intégration de données de recherches)
Dans le cadre des recherches menées au Centre de Recherche de Vitry-Alfortville, un besoin de centralisation de données issues des recherches s'est fait sentir. La mission se concentrait sur certains points :
Intégration au système existant, prise en compte du cahier des charges et de la charte graphique,
Conception et programmation du système d'information, de l'exploitation des données, de leur enregistrement et de leur restitution (moteur et formulaire de recherches, génération de requêtes automatiques sur moteur PostGreSQL),
Rédaction des spécifications finales, du guide technique et du guide d'utilisation,
Création d'un programme d'installation et déploiement opérationnel sur le système final.
Environnement technique : Linux Red Hat, PostGreSQL, Perl, HTML, CSS
Sanofi-Aventis : mars/2005 à janvier/2006
Opérateur de saisie de données cliniques
Pour la clarté des recherches clinique, il y a la nécessité du recueil, de l'informatisation et de l'analyse des données issues des différentes études scientifiques menées sur les médicaments.
Saisie et contrôle des données,
Codification des effets secondaires, des pathologies traitées et des médicaments.
Hôpital Lépold Bellan : mars/2007 à Avril/2007
Laboratoire Massenna : Janvier/2006 à Septembre/2006
Clinique MGEN : août/2004 à Décembre/2004
SNCF – Service médical : mars/2004 à mai/2004
Laboratoire BIOFORCE : octobre/2003 à février/2004
Technicien de laboratoire d'analyses bio-médicales
Dans le cadre du laboratoire interne de biologie-biochimie, travail sur différents automates d'analyses, de la réception des prélèvements au rendu et à l'analyse des résultats avec le biologiste. Utilisation d'automates d'analyses médicales et activité de formation des collègues.
Automates d'immuno-enzymologie : VIDAS, Axsym, ARCHITECT,
Automates de chimie : Vitros 250, Olympus,
Formation des techniciens et techniciennes lors de l'arrivée de nouveaux automates et de nouvelles normes,
Rendu des résultats auprès des biologistes et surveillance (contrôle, évolution) lors de pathologies.
Hôpital d'Instruction des Armées Bégin (Vincennes, 94) /
Juin 2002 et Janvier 2003
Technicien de laboratoire d'analyses bio-médicales
Dans le cadre du BTS Biochimiste, étude de protocoles existants et remise aux normes de certaines parties d'entre eux dans un objectif de conformité et d'apprentissage des règles d'analyses et de recherche :
Chromatographie Liquide Haute Performance des variants de l'hémoglobine,
Recherche appliquée de biologie moléculaire du gène responsable de l'hémochromatoise (Biologie Moléculaire, PCR, électrophorèse sur gel,...),
Microbiologie / bactériologie (isolement, culture et identification de bactéries).
Projets personnels et de formation : depuis 2000
Dans l'objectif d'accroître mes connaissances et mes compétences en informatique, j'ai réalisé un certain nombre d'applicatifs, souvent en lien avec mon autre compétence : la biologie.
Conception, programmation et tests de programmes sur la Vie Artificielle (simulation informatique) ; il s'agit de programmes fortement orientés objets.
Conception, programmation et présentation d'un programme utile pour la recherche et l'enseignement en bio-informatique : Phylogenetik, composé notamment d'une interface graphique et facilement modulable et réutilisable du fait de sa conception Orientée Objet,
Conception et déploiement d'un site web personnel, établissement de la charte graphique, publication de quelques éléments de mes exercices de programmation,
Environnements techniques :
Mac OS 8, Mac OS 9 et MAc OS X ; Développement sous divers Langages et Environnements (Java/Eclipse, HTML-CSS/web, Perl-PostgreSQL/Linux, PHP-MySQL/Unix BSD)