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R, fonction Sweave et latex...

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dha...@gmail.com

unread,
May 3, 2006, 8:41:10 AM5/3/06
to
Bonjour,

J'utilise le logiciel de statistique R avec bonheur sur mon ordi sous
linux.
En particulier, je rédige directement mes rapports de résultat grâce
à une fonction de R : Sweave.
Cette fonction me permet de générer un document .tex qui contient mes
résultats.
Sous linux, je n'ai jamais eu de pb particuliers.

Mais je suis obligé de travaillé sous windows sur mon nouveau lieu de
travail. J'ai installé R, miktex et emacs sans difficulté
particulière, et après divers essai, j'ai réussi à compiler des
fichiers .tex.

Je me suis dit : "bon, commençons enfin à travailler".

Grâce à la fonction Sweave, je suis arrivé à ce document .tex :

\documentclass[a4paper,10pt]{article}

\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[frenchb]{babel}

\title{Park temps court - Test de Wilcoxon}
\author{David Hajage}
\date{}

\usepackage{c:/PROGRA~1/R/R-23~1.0/share/texmf/Sweave}

\begin{document}

\maketitle

\section{PDQ 39}

\begin{Schunk}
\begin{Soutput}
[1] 2.5
\end{Soutput}
\begin{Soutput}
[1] -7.133333
\end{Soutput}
\begin{Soutput}
Wilcoxon rank sum test with continuity correction

data: tp1[groupe == "Medicamenteux"] and tp1[groupe == "Chirurgical"]
W = 56.5, p-value = 0.1704
alternative hypothesis: true mu is not equal to 0
\end{Soutput}
\end{Schunk}


\end{document}


Mais lorsque que je compile, j'obtiens ce message d'erreur :

ERROR: Missing \endcsname inserted.

--- TeX said ---
<to be read again>
\unhbox
l.12

--- HELP ---
>From the .log file...

The control sequence marked <to be read again> should
not appear between \csname and \endcsname.

Et le curseur se place à côté de \begin{document}

Je ne comprend pas très bien. J'ai bien vérifié que Sweave.sty se
trouvait dans le répertoire c:/PROGRA~1/R/R-23~1.0/share/texmf/Sweave.


Quelqu'un saurait d'où pourrait provenir ce meessage ?

C'est peut être une erreur toute bête de ma part, désolé d'envahir
ce forum, mais là, je vois pas...

dha...@gmail.com

unread,
May 3, 2006, 8:41:14 AM5/3/06
to

Julien K.

unread,
May 3, 2006, 8:59:14 AM5/3/06
to
On 03-05-2006, dha...@gmail.com wrote:
>
> J'utilise le logiciel de statistique R avec bonheur sur mon ordi sous
> linux. En particulier, je rédige directement mes rapports de résultat grâce
> à une fonction de R : Sweave.

> \usepackage{c:/PROGRA~1/R/R-23~1.0/share/texmf/Sweave}
>
> \begin{document}

[...]

> Mais lorsque que je compile, j'obtiens ce message d'erreur :
>
> ERROR: Missing \endcsname inserted.

> [...]


> The control sequence marked <to be read again> should
> not appear between \csname and \endcsname.
>
> Et le curseur se place à côté de \begin{document}

C'est l'argument du "usepackage" qui ne convient pas, les noms DOS (8.3)
contiennent le caractère '~' qui n'est pas accepté. Pourquoi ne pas faire
simplement \usepackage{sweave} en ayant pris soin:
- soit de copier les fichiers de ".../R-23~1.0/share/texmf/Sweave" dans
une arborescence /connue/ de tex,
- soit ajouter celle-ci (".../R-23~1.0/share/") à TEXINPUTS?

JKr

dha...@gmail.com

unread,
May 3, 2006, 9:13:35 AM5/3/06
to
pfff... qui a dit que windows était plus simple ?

Merci bcp pour ton aide.

PS : désolé d'avoir posté deux fois, j'ai le double clique rapide...

Josselin Noirel

unread,
May 3, 2006, 10:46:22 AM5/3/06
to
"dha...@gmail.com" wrote in message
<1146662015.1...@u72g2000cwu.googlegroups.com>:

> pfff... qui a dit que windows était plus simple ?

Un expert mondial en informatique ? Bill ? Cela dit celui qui fait une
erreur est celui qui met un ~ dans le chemin d'un \usepackage. Au
choix, toi ou R.

--
Joss

Julien K.

unread,
May 3, 2006, 11:29:33 AM5/3/06
to

Je ne savais pas que l'on pouvait mettre un chemin absolu en tant
qu'argument d'un \usepackage... D'autant plus que je ne trouve pas la
définition de cette commande dans "latex.ltx".

> Au choix, toi ou R.

C'est bien R, mangez-en; la preuve je viens d'imprimer un bout de Doc...
De là à le lire ;-)

JKr

Josselin Noirel

unread,
May 3, 2006, 11:37:46 AM5/3/06
to
"Julien K." wrote in message
<slrne5hj2t.j5f...@thabor.ah2d.fr>:

> Je ne savais pas que l'on pouvait mettre un chemin absolu en tant
> qu'argument d'un \usepackage... D'autant plus que je ne trouve pas la
> définition de cette commande dans "latex.ltx".

\let \usepackage = \RequirePackage

au \documentclass.

--
Joss

Jean-Côme Charpentier

unread,
May 3, 2006, 7:27:58 PM5/3/06
to
Josselin Noirel a écrit :

Effectivement. Cela dit, si l'extension est bien faite, disons dans
les règles de l'art, il doit y avoir une ligne
\ProvidesPackage{toto}
avec le plus souvent un argument optionnel indiquant la date de cette
extension, son numéro de version et le nom ou les initiales de l'auteur.
Par exemple, si je prends l'extension array, je trouve :

\ProvidesPackage{array}
[2003/12/17 v2.4a Tabular extension package (FMi)]

FMi étant le doux diminutif de Frank Mittelbach. Chez moi, cette
extension est située dans le répertoire

/usr/local/texlive/2005/texmf-dist/tex/latex/tools/

Si on compile le document suivant

\documentclass{minimal}
\usepackage{/usr/local/texlive/2005/texmf-dist/tex/latex/tools/array}
\begin{document}
% rien
\end{document}

on se retrouve alors avec le message suivant dans le rapport de
compilation :

LaTeX Warning: You have requested package
`/usr/local/texlive/2005/texmf-dist/tex/latex/tools/array',
but the package provides `array'.

Bon. Cela n'empêchera pas array de fonctionner comme il faut. C'est
juste pour dire que même LaTeX n'est pas trop content de la façon dont
l'extension s'est faite appeler :-) Enfin, personnellement, je n'aime
pas voir trainer des messages d'avertissement qui peuvent être éviter.
La méthode automatique de R est une vrai cochonerie de programmation
à mon humble avis. Il serait beaucoup plus propre d'installer
l'extension Sweave dans une vraie arborescence texmf et non pas dans un
fantôme d'arborescence (mal faite au passage) tel que
c:/PROGRA~1/R/R-23~1.0/share/texmf/

Jean-Côme Charpentier

--
Ah voilà ! La dernière fois que j'ai vu de mes yeux vu un utilisateur
de MikTeX à l'oeuvre, c'était au siècle dernier et avec force jurons
et insultes à l'endroit de la bête.
-+- 2F in fr.comp.text.tex -+-

dha...@gmail.com

unread,
May 4, 2006, 4:19:37 AM5/4/06
to
euh... j'ai jamais dit que j'avais pas fait d'erreur... juste que je
constate que c'est moins simple, c'est tout...

Merci pour votre aide et vos commentaires.

Jean-Côme Charpentier

unread,
May 4, 2006, 8:53:52 AM5/4/06
to
dha...@gmail.com a écrit :

> euh... j'ai jamais dit que j'avais pas fait d'erreur... juste que je
> constate que c'est moins simple, c'est tout...

En l'occurrence, ce n'est pas vous qui avait fait une erreur. En
supposant que j'ai bien compris toute l'histoire, l'erreur proviendrait
plus de ceux qui ont conçu R, ou, plus spécifiquement, de ceux qui ont
conçut l'interface de R avec TeX.
Peut-être que « erreur » est un terme un peu fort ici, « maladresse »
serait plus approprié.

Jean-Côme Charpentier

--
Fais pas le malin... :-) pdftex n'est pas capable de traiter l'eps,
même généré par metapost ou purifié par Ste Gudule.
-+- Michel B. in fr.comp.text.tex -+-

Josselin Noirel

unread,
May 4, 2006, 8:58:16 AM5/4/06
to
Jean-Côme Charpentier
wrote in message <4459f960$0$29224$8fcf...@news.wanadoo.fr>:

> Peut-être que « erreur » est un terme un peu fort ici, « maladresse »
> serait plus approprié.

Le jeudi. Demain c'est une autre paire de manches.

--
Joss

Thomas vO

unread,
May 4, 2006, 9:07:10 AM5/4/06
to

À (at) Thu, 4 May 2006 12:58:16 +0000 (UTC),
noi...@clipper.ens.fr (Josselin Noirel) nous disait (told us):

demain, ça deviendra quoi ? on prend des paris ?

--
Notre Knuth qui êtes aux cieux,
que votre TeX soit sanctifié,
que votre règne arrive,
que votre volonté soit faite sur LaTeX comme au CTAN
Donnez-nous le Web2C de chaque jour.
Remettez-nous nos fontes comme nous les remettons à ceux qui nous
doivent.
Pardonnez-nous nos offenses comme nous pardonnons aussi à ceux qui
nous ont offensés.
Ne nous abandonnez point à la tentation, mais délivrez-nous du Word
Ainsi soit-il !
-+- Thomas vO in fr.comp.text.tex -+-

Ulrike Fischer

unread,
May 4, 2006, 10:34:41 AM5/4/06
to
"dha...@gmail.com" <dha...@gmail.com> schrieb:

> pfff... qui a dit que windows était plus simple ?

Ce n'a rien avoir avec windows. ~ ne marche pas non plus sous linux
parce que c'est une commande:

> ~=macro:
->\active@prefix ~\active@char~ .
l.5 \show~


Si tu remplace ~ par \string~ ca devrait marcher.

Ou tu utilise le chemin normal (long), miktex n'exige pas les chemin
DOS.


--
Ulrike Fischer
e-mail: zusätzlich meinen Vornamen vor dem @ einfügen.
e-mail: add my first name between the news and the @.

ADelm

unread,
May 5, 2006, 3:31:08 AM5/5/06
to
windows n'est pas compliqué si on ne veut pas l'utiliser comme Linux!

C'est comme vouloir conduire une voiture en appuyant alternativement
sur deux pédales comme sur un vélo :-))

Alain Delmotte

dha...@gmail.com

unread,
May 5, 2006, 4:54:17 AM5/5/06
to
Bon...
Pardon, je ne voulais pas rentrer dans ce genre de débat, je ne suis
pas troller et je ne veux blesser aucune sensibilité.

Encore une fois, merci de m'avoir expliqué pourquoi ma compilation ne
fonctionnait pas, et bravo pour ce "groupe" très réactif.

Josselin Noirel

unread,
May 5, 2006, 11:18:44 AM5/5/06
to
"ADelm" wrote in message
<1146814267.9...@j73g2000cwa.googlegroups.com>:

> C'est comme vouloir conduire une voiture en appuyant alternativement
> sur deux pédales comme sur un vélo :-))

Le vélo c'est Linux ou c'est Windows ? Histoire de bien poser les
prémisses trollesques.

--
Joss

Thomas vO

unread,
May 5, 2006, 11:30:43 AM5/5/06
to

À (at) Fri, 5 May 2006 15:18:44 +0000 (UTC),

noi...@clipper.ens.fr (Josselin Noirel) nous disait (told us):

le vélo, c'est Linux. Windows, c'est une trotinette avec une roue
cassée. si vous voulez rouler en voiture, choisissez BSD !

(c'est bon ? j'ai bien mis les pieds dans le troll ? )

--
De façon générale, je ne réponds pas trop aux questions du type «c'est
quoi le(la) meilleur(e) ... », cela dépend de tellement de
facteurs. On peut juste le dire pour emacs : c'est évidemment le
meilleur éditeur.
-+- Jean-Côme in fr.comp.text.tex -+-

Jean-Côme Charpentier

unread,
May 5, 2006, 12:52:30 PM5/5/06
to
Thomas vO a écrit :

>
> le vélo, c'est Linux. Windows, c'est une trotinette avec une roue
> cassée. si vous voulez rouler en voiture, choisissez BSD !
>
> (c'est bon ? j'ai bien mis les pieds dans le troll ? )

C'est marrant comme on peut deviner le contenu d'un message
uniquement en suivant les messages précédant et le nom de celui qui
répond. La seule surprise, c'est la forme que cela va prendre... pas mal
au demeurant Thomas :-)

Petite leçon de troll.

Bon, pour remettre les choses un peu en place et savoir troller avec
les bons trolls et les bonnes personnes, il faut quand même dire à Adelm
que les trolls Linux/Windows/BSD/Alpha/Sun/... n'ont quasiment aucune
prise sur fctt. Pour troller grave, il faut parler de Word, mais
subtilement hein ? Sinon on se fait tout de suivre découvrir ou bien, la
subtilité n'est alors plus nécessaire, d'Emacs/Vi ou alors si on a
uniquement la finesse d'un éléphant exlorant une exposition de vases
Ming, un truc qui marche à tous les coups (ou presque), c'est la
supériorité du Wysiwyg même pour faire du TeX. On notera au passage la
subtilité de « même » ci-dessus, je ne peux pas me mettre dans la peau
d'un éléphant, c'est physique !
Si vraiment on veut troller en gagnant à tous les coups, on lit la
liste des péchés mortels et on se fait un document en essayant d'en
mettre le plus possible dans le minimum de ligne : effet garanti.

Jean-Côme Charpentier (trolleur professionnel)

--
Ayé, j'ai compris. Comment ça se fait que je ne me sois pas encore
fait égorger sur fctt ....
-+- Patrick in fr.comp.text.tex -+-

Josselin Noirel

unread,
May 5, 2006, 1:32:16 PM5/5/06
to
Jean-Côme Charpentier
wrote in message <445b82ce$0$6682$8fcf...@news.wanadoo.fr>:

> Si vraiment on veut troller en gagnant à tous les coups, on lit la
> liste des péchés mortels et on se fait un document en essayant d'en
> mettre le plus possible dans le minimum de ligne : effet garanti.

Je proteste, dans les péchés mortels il n'y a pas \\. C'est un
scandale.

--
Joss

Jean-Côme Charpentier

unread,
May 5, 2006, 2:04:08 PM5/5/06
to
Josselin Noirel a écrit :

>
> Je proteste, dans les péchés mortels il n'y a pas \\. C'est un
> scandale.

C'est vraiment {\it surprenant}\\^1
On peut soumettre des rapports de bug à l'auteur ?

Jean-Côme Charpentier

1. En plus c'est vrai que cela me suprend !

--
Avec un peu de chance ce sera mon cadeau de Noël. (Une install party
le 25 décembre, c'est geek ?)
-+- Joss in fr.comp.text.tex -+-

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