ermod-users

稲葉様 納得可能な計算になったようでよかったです。混合溶媒における水の寄与も、3.6234、1.2934 ・・・というわけで、純水溶媒からの連続性も見えます。NMPモル比=0.18でのmeshエラーの値

桜庭様 丸山様 お世話になっております。 ermod-1.0.3で、FOCUSとmacで、GROMACSのサンプル(エタノール溶媒和)が実行できました。 ご対応、ありがとうございました。 Batch実行

丸山様 ファイルの方、メールで送信しました。 gen_inputについて、何もメッセージは無く正常終了しているようでした。 稲葉 2024年4月24日水曜日 21:25:00 UTC+9

和田様 大阪大学の松林です。返事が遅れまして、大変に申し訳ありません なぜか、ermod-usersへのメールが私に通知されないようになっておりました。 いずれにせよ、申し訳ありません 現在の溶質は7o

After running gen_structure / gen_input, you should probably find parameters_fe file at the top

CHARMM parameter files for CHARMM and NAMD uses rmin/2 as "radius" while ljtable use sigma-

松林先生 ご回答頂きありがとうございます。 当方もお返事遅れてしまい申し訳ございません。 参考リンクや詳細なご回答頂き、大変助かります。 まずはサンプルデータを参考にOpenMMで検討してみます。 扱い

桜庭先生 いつもお世話になっております。戸田でございます。 迅速かつ丁寧にご回答くださりありがとうございます。 本件、理解することができました。おっしゃられているソフトウェア論文を読んでみます。

迅速な対応、誠にありがとうございます。問題なく実行できました。 2018년 5월 16일 수요일 오후 4시 42분 33초 UTC+9, Shun 님의 말: 姜様 ERmod開発者の一人の桜庭と申し

松林先生 ご連絡が遅くなり、申し訳ありません。 詳しくご解説頂き、ありがとうございました。 > イオンーイオンの対エネルギーが０にピークを持たず、 > しかし、系を大きくすれば、ピークが０に

良かったです。 こちらで使っているシステムでは、初期化していない変数に 0 が割り振られていたため、 問題が出なかったのだと思いますが、そうでないケースだったということですね

なるほど、可能性の候補としては考えられましたが、 soln とrefs におけるsolvation の大きな違いが原因ということですか。 この系のように、かなりの配向依存性がある場合は、重心指定だけでは

松林先生 了解いたしました。 いくつか条件を変えて計算してみます。 適切な条件が分かりましたら，ご報告させて頂きます。 お忙しい中，お時間を頂き，ありがとうございました。 松上 2017年1月17日

松林先生 お世話になっております。 納戸です。 お教えいただいた通りparameters_erを変更致しましたところ問題なく終了しました。 ありがとうございました。 今後ともよろしくお願い致します。

松林先生、 水分子の数を間違えておりましたので、やり直しました。 １について、insorigin=1で動きました。ありがとうございました。 ２の方ですが、insorigin=1を加筆し、refspec=

松林先生にご対応いただき、 slvfe.F90の最後から２行目のstop文をコメントアウトする事で、IEEE errorのメッセージが出なくなりました。 （0.3.5では、上記が反映されているようです。

齋藤です。 投稿した質問ですが、松林さんから回答コメントのメールを私信で頂きましたので、 こちらを投稿させて頂きます。 以下、回答コメントです。 ============================

桜庭様返信ありがとうございます。 確かに、ライブラリ参照時に警告メッセージがでていました。 挿入分子が、力場的に部分に分割されていると働かないということなんですね。 回答を元にして、挿入分子が１種類に

浦野さん ver 04については、まだバグもありますし、 かといって、個別の目的に合わせて、個々のバグだけを直すというのでは、開発全体の効率が落ちますので、 あくまでもご参考に、ということでお考え下さい

他の閲覧者用のNoteです 本件につきまして別トピックに有りますように、一部は 「dodecahedron、octahedronを使用した際の不具合」 であることがわかりました。 私がtrjconv を

松林様返信ありがとうございます、 2015年10月19日月曜日 23時36分54秒 UTC-4 Nobuyuki MATUBAYASI: 浦野さん ここから先は、実際に計算される系に依存する話で、現時点

さくらばさん、 >ごめんなさい。sourceforgeのticketにバグを登録してください、 >と言うべきでした。 すみません。なるほど、そういうフォームがあったのですね。。ぜんぜん、

This point is now [ermod:tickets] #36. 2015年5月8日金曜日 13時02分33秒 UTC+9 Nobuyuki MATUBAYASI: When reading

refs系のサンプル数を上げてmesh errorを低減しようとしたところ、 サンプル数 mesh error 5.0e4 0.83252 2.5e5 12.49981 5.0e5 1.19085

松林先生の投稿を見逃しており、返信が遅れました。 大変申し訳ありませんでした。 parameters_feを揃えたら、両バージョンの値は問題ないレベル（～0.01kcal/mol）で一致いたしました。

指摘というか、私が勝手に勘違いしていただけに思いますが・・・ ともあれ、修正いただき、ありがとうございます。 solnとrefsで最大エネルギーが大きく異なる理由を正しく理解できました。

Dear Nobuyuki, Thank you very much for the derivation. Now everything is clear. WIth best wishes.

Dear Andrey one automatically makes an assumption that distribution functions from NVT (NPT) MD are

Dear Ermod-users, Here, please, see the analysis of the effect of the combination of two sets of cut-

松林先生 井上です。 ecdminを更に小さな値に設定したところ、 エラーが解消されました。 迅速かつ丁寧にご教授いただきまして、 まことにありがとうございました。 以上 井上