Olá Heleno,
seria possível configurar uma ferramenta externa do Eclipse para rodar o Emulator, como o Eclipse faz com qualquer outra ferramenta. Só ir em Run->External Tools->External Tools Configuration e adicionar uma nova ferramenta lá que aponte para o Emulator e passe o arquivo NCL (variavel ${resource_loc}) como parametro.
Entretanto, o Emulator que vc tem nao deve receber um arquivo como parâmetro pela linha de comando. Lembro que tive que fazer uma modificação nele para isso.
Pelo que pude perceber vc é daqueles que gosta de se aventurar (isso é muito bom!)! Entao vai uma dica:
Voce pode baixar o jar da versao 1.0 do NCL Eclipse e descompactá-lo (nao se assuste ele é grande por causa do emulator). Lá vc vai encontrar uma pasta gingancl-java que é justamente o Emulator com a alteração para receber um arquivo passado como parametro pela linha de comando. Dentro desta pasta tem dois scripts gingancl.sh e gingancl.bat que é justamente para executar o Emulator.
Enfim, o que quero dizer é que vc pode configurar a ferramenta externa do Eclipse para apontar para este script e passar a variavel ${resource_loc} como parametro que vai funcionar!
Quanto ao comentário interessante, realmente isso deve acontecer em breve (ainda esse ano espero!)!