Bom, não sei se sua dúvida foi respondida, mas vou tb postar nossa realidade aqui.
Estamos iniciando a implantação do TFS 2012, e já utilizamos o Project faz algum tempo, iniciando no 2010 e atualmente no 2013.
A integração dos projetos é feita um para um, quer dizer, para cada projeto do Project 2013, temos um Team Project do TFS 2012.
E optamos por fazer a integração utilizando o mecanismo gráfico do Project 2013, por tratar da forma como o trabalho é desenvolvido aqui.
Ressaltando que essa não é a única forma de fazer, existem tb os comandos do prompt, que fazem a mesma coisa.
Estamos analisando, no momento, como utilizar a questão dos workitems compartilhados. Até postei uma questão aqui no fórum sobre esse assunto, procurando outras opiniões. Mas os recursos são utilizados de forma transparente, bastando estarem devidamente cadastrados em ambos os lados.
Espero te ajudado.