le "bon" dans ta question la rend ambiguë ainsi que "site" pris dans
son ensemble :

Dois-je comprendre :
"Cette pratique pénalise-t-elle le référencement de ma page
d'accueil" ?
Auquel cas la réponse est NON !
Ou alors :
"Cette pratique optimise-t-elle le référencement de mon site"?
Auquel cas la réponse est... NON !

De toutes manières :

En 2002 : Un GoogleGuy a certifié que GoogleBot n'acceptait pas les
cookies.
A ma connaissance, c'est toujours le cas en 2007.
Qu'en est-il précisément en Mai 2008, je n'en sais rien.

Mais, à supposer que ce soit toujours le cas, Il est d'évidence que
rien de ce qui, d'un site, n'est accessible que par le truchement de
cookies ne sera pris en compte par les crawlers.
=> Je te conseille vivement de tester tes pages sous une session
cookies refusées, et de voir si cela correspond bien au contenu que tu
souhaites voir indexé.